- マイカの去った後の“第13倉庫”に、新捜査官スティーブが配属された。彼は他人のウソを見破るという能力の持ち主だ。ピートとスティーブはチームを組み、コロラド州デンバーに赴く。そこでは記者が存在しない毒ヘビに噛まれて死んだり、ホテルのウェイターが23種類のナイフに刺されて死んだりという事件が起きていた。どちらの事件にもシェイクスピアの劇が絡んでいると読んだ２人は、事件解決の手掛かりを求めてマイカを訪ねるが…。
- 旅客機パイロットがシアトル上空を運航中に突然取り乱して操縦を放棄する。病院に運ばれた彼は徐々に幼児化し、記憶を失っていく。数日後、手術を行っていた医師も同じく記憶を失う。２人には共通点があった。ある殺人事件の目撃者だったのだ。ピートとマイカは殺人事件の容疑者を訪ねるが、男は無実を訴えるばかり。弁護士を通して、もう１人の証人がいるという情報を得たピートたちが彼の元を訪ねると、既に彼も記憶を失っていた。
- ソルトレークシティーの病院で複数の女性が変死を遂げる。ひからびた遺体は粘土と化しており、そのＤＮＡはもはや人間のものではなかった。分析した結果、被害者は何らかの経緯によってコンピュータウイルスに感染していたことが判明する。アーティーとクローディアは被害者のＰＣをハッキングしていた男に狙いを定める。彼の勤務先の店を訪ねるが、間に合わずに店内にコンピュータウイルスがばらまかれ、大勢の人が感染してしまう。
- “リーナ・ホテル”にピートの元妻、アマンダが訪ねてきた。再婚を決め、翌日に結婚式を控えた彼女を、ピートは幸せを祈って送り出すが、彼女のバッグにはいつの間にか蜜蜂の遺物が入り込んでしまっていた。結婚式の当日、その蜜蜂に刺されたアマンダが無意識に式の付添人たちに触れると、彼らに異変が起こる。彼女を女王と見なし、服従するのだ。彼女への忠誠心から次第に過激化した付添人たちは新郎を邪魔者と考え、排除しようとする。
- 1893年のイギリス。ある天文学者が遺物を使った襲撃に遭い、粉々に消え失せる。同じ遺物による事件が時を超え、1962年のオハイオ州、また現代のピッツバーグでも発生する。マイカたちは解決策を探るべく、今は監禁されているH･G･ウェルズをホログラム技術によって呼び出し、捜査協力を求める。彼女は1893年の事件当時、第12倉庫の捜査員として働いていたのだ。彼女は一連の事件に、自分の発明したロケットが関わったと述べる…。
- ファーゴの友人から電話を受けたクローディア。急いで駆けつけると、ファーゴたちが自作のゲームの世界に遺物を使って入り込み、現実世界に戻れなくなっていた。彼らを救うべくピートとクローディアはプレイヤーとしてキャラクターに変身し、“第13砦”が舞台のゲーム世界へ旅立つ。そこで起きることはすべて現実のようにフル体感されるのだ。やがて遺物の影響により、プレイヤーの潜在意識にある恐怖が具現化し、彼らを襲ってくる。
- マイカはデンバーの駅で、３年前の事件の犯人レオを見かける。マイカの相棒であり恋人でもあったサムを殺した男だ。マイカはシークレットサービスの当時の同僚たちに協力を求め、造幣局へレオを追う。ところが追跡中に、レオは忽然と姿を消すのだった。物理的に説明のつかない状況に、マイカたちは事件に遺物が介在していたことを知る。再び匿名の通報によりレオを追い詰めたマイカたちだが、一瞬のうちにレオに銃を向けられる…。
- 倉庫の幹部が立て続けに拉致され殺される事件が続く。犯人はＦＢＩのストコウスキーだ。拷問によって幹部の集まるビルを突き止めた彼女は、仲間のアキノと共に遺物を使って、中にいる幹部もろともビルを破壊しようとする。アーティーやマイカは幹部の救助に向かうが、すぐにビルは崩壊し始め、通常の手段では脱出できない状態に陥る。ピートとクローディアはアキノを追い詰めるが、彼はボスに殺されると怯え、遺物を使って自殺する。
- 倉庫の幹部を襲った犯人が関わる“A-Zテクノロジー”は、ピートの母ジェーンにとって聞き覚えのある名前だった。正体をつかむため、彼女はピートと共に記憶の中へ旅立つ。一方ポートランドでは、中年男性と若者が閃光に包まれて瞬間的に消滅する事件が発生。２人の接点は、ある女性にあった。マイカとクローディアが彼女の部屋を訪ねると、彼女は自分が腹を立てた相手は死に至るのだと言い、マイカたちに近づかないよう警告する。
- ニューヨーク州の山中で、ゾンビ化した男にカップルが襲われて首筋を噛まれるという事件が勃発する。一方大学の社交クラブでも、ゾンビ化した学生が発生。彼は寒さと飢えを訴えて食料をむさぼったのち、低体温症と栄養失調により死亡する。捜査に訪れたピートとマイカだが、なかなか遺物の正体はつかめない。やがて知らぬうちにマイカにもゾンビ化の症状が現れる。彼女は飢えを訴えると、いきなりピートに襲いかかってくるのだった。
- 倉庫の機密ファイルがサイクスの一味に盗まれた。そのファイルに載る人物を追ってピートとマイカが訪れた高校では、幹部に拘束されていたはずのH･G･ウェルズが教鞭を執っていた。マイカたちに問い詰められた彼女は、自分はH･Gではない、“エミリー･レイク”だと言い張る。実はH･Gは幹部たちによって過去の記憶を封じられ、新しい名前と人生を与えられていたのだ。そんな彼女を、何を目的としてかサイクスの手下が追ってくる…。
- スティーブを殺し、H･Gウェルズをさらったサイクスを追う倉庫の面々は、彼が香港に向かったことを知る。そこは古代の倉庫幹部の私室がある場所だった。彼はそこでH･Gに命じ、彼女の恩師が設計した錠を外そうとしていたのだ。マイカを人質に取られたH･Gが何とか錠を外すと、そこには“第13倉庫”へとつながるゲートが生まれる。こうしてサイクスは倉庫に侵入し、コロディの腕輪を手に入れる。だが彼の企みはそれだけではなかった…。
- クリスマスイブ。ピートがオフィスに戻ると、そこには倉庫の敵であり、死んだはずのマクファーソンと、捜査官と自称する部下がいた。さらにピートは侵入者として彼らに捕まってしまう。遺物の影響で、ピートの存在はなかったことになっていたのだ。ピートの“存在しない”世界では、倉庫の仲間の人生も全く変わったことになっていた。マイカはワシントンDCで働き、クローディアは精神科にいる。アーティーは刑務所に入っていた…。
