北米のほぼ中央、サウス・ダコタの荒れ果てた土地に建つ巨大な“第13倉庫（ウェアハウス13）”では、合衆国政府が極秘に集めた、超常現象を起こす “極秘収集物”を多数保管。シークレットサービスの男女コンビ、ピートとマイカは管理人アーティーのもと、世界中に散らばる“遺物”を捜索・回収し、倉庫に収納するという困難なミッションに挑む。
前シーズン、伝説のＳＦ作家Ｈ・Ｇ・ウェルズ（実は女性だった）の陰謀を防いだが、任務の責任の重さに耐えられず、“第13倉庫”を去ったマイカ。彼女のその後は?
“第13倉庫”には新メンバー、スティーブが加入。ＡＴＦ（アルコール・タバコ・火器及び爆発物取締局）の精鋭だが、意外な横顔も。
新たな“遺物”は、ジミ・ヘンドリックスのギター、シェイクスピアの作品集、ゴッホの名画、ベルリンの壁のスプレー画、旧日本軍の石井四郎のメダルなど多岐にわたる。また、チームを狙う謎の人物の暗躍が気になる!
ゲスト出演も充実。「地上最強の美女! バイオニック・ジェミー」のリンゼイ・ワグナー（第３話）、「スター・トレック／ヴォイジャー」のジェリ・ライアン（第４話）、ＴＶ版「デッド・ゾーン」のアンソニー・マイケル・ホール（第９話ほか）が登場し、「ユーリカ ～地図にない街～」のファーゴ（ニール・グレイストン）の再登場もお楽しみ。